As modificações sofridas por igreja e freguês são tantas que, a olho nu, é impossível identificar sua origem.

Igreja vem do grego ἐκκλησία, que significa “assembleia”. Formas intermediárias são atestadas, além do próprio latim ecclésia (o ι é breve). Em 1193, segundo Nascentes, aparece num testamento eigleja (grafado eygleyga [sic]); em 1272, encontra-se eigreja. A maior surpresa é a palavra ter sido pronunciada com ei-; várias explicações possíveis existem. A simplificação de ei- em i- não oferece desafios aos etimologistas: há exemplos como Inês, de Einês.

Freguês viria da expressão latina filius ecclesiae. A etimologia é complicada e precisa levar em consideração palavras cognatas em línguas próximas, mas Nascentes diz que a série seria: filiu eclesiae > *filieclesiae > *filigreje > *feleguês > *feegrês > *freguês.